مدیریت داخلی و معاونت اجرائی مدیر نفش حساس و تعیینکنندهای را دارد چرا که اولین مسئولیت این معاونت جذب و گزینش طلاب جدیدالورود میباشد. دومین مسئولیت این معاونت دبیر کمیته انضباطی است که در صورت بروز مشکل در میان طلاب اعم از مشکلات انضباطی، اخلاقی و ... جمعآوری و رسیدگی به وضعیت طلاب بر عهده این معاونت میباشد. سومین مسئولیت این معاونت دریافت و تقسیم شهریه میباشد که آخرین مسئولیت معاونت اجرائی حوزه بر عهده حجتالاسلام مهدی مولوی دوست میباشد.